Análisis de secuencias de ADN.

Tema 2. Ciencia y tecnología.

La bioinformática es una técnica computacional basada en el análisis de caracteres. Se utiliza para comparar cadenas de ADN. ARN y secuancias de aminoácidos. Los bancos de ADN proporcionan aplicaciones en linea para ayudarnos en identificación de cadenas que hayamos secuenciado o que necesitemos identificar.

En la sección Archivos de este grupo coloqué un pdf con la descripción del reporte generado por la aplicación BLAST Assembled Genomes.

 https://www.facebook.com/download/1478773715767886/Bioinformatica_HowTo_NewBLAST.pdf

1) Copia la secuencia de tu equipo (con todo y número) 2) Entra a la base de datos del NCBI

http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PROGRAM=blastn&PAGE_TYPE=BlastSearch&LINK_LOC=blasthome

3) Pega tu secuencia en el recuadro blanco donde dice Enter accession number(s), gi(s), or FASTA sequence(s): 

4) Baja la pagina busca un recuadro azul en la esquina izquierda, dice BLAST, dale click 

5) Espera 5 segundos hasta que aperesca una ventana donde puedes ver los nucleótidos que se alinearon de color rojo, si das click sobre cada barra puedes ver el resultado o en la parte de abajo de la ventana se encuentra escrito el resumen, donde en el primer sitio está el nombre del microorganismo que mas de parece a tu bacteria. 

6) ¿Que bacteria identificaste?

>1 GTCCCGCCTGCCCAGTGACAACTTAGTTCAACGGCCGCGGTATTTTGACCGTGCAAAGGTAGCGTAATCA TTGTCTTTTAAATGAAGACCTGTATGAATGGCATAACGAGGGCTTAACTGTCTCCTTCCCCTGGTCAAT GAAATTGATCTCCCCGTGCAGAAGCGGGGATGAAACCATAAGACGAGAAGACCCTATGGAGCTTTAGACA CACAGGTGGACCATGTCAAATACCCCCAGCTAAGGGCCTGAACTAAATGGAACCTGCCTTGATGTCTTCG GTTGGGGCGACCATGGGGAATACAAAACCCCCACGTGGAAAGGGAGCACACCCCTAAGTTACTTCTTCTC CCGCAAGCCAGAGCAACAGCTCTAACAAGCAGAAATTCTGACCAAACTGATCCGGTAAAACCGATCAACG AACCAAGTTACCCTAGGGATAACAGCGCAATCCCCTTTTAGAGCCCATATCGACAAGGGGGTTTACGACC TCGATGTTGGATCAGGACATCCTAATGGTGCAGCCGCTATTAAGGGTTCGTTTGTTCAACGATTAAAGTC CTACGTGAT

2> TTGTCTTTTAAATAAAGACCAGTATGAATGGCAAGACGAAAGTTCAACTGTCTCCCTAAATTAATCAATG AAATTGATCTTCCCGTGCAGAAGCGGGAATATAAATATAAGACGAGAAGACCCTATGGAGCTTTAAATAT ATGGTCAATTGTATATTACATGAACCAAAAGGTAAAATATTAAATAAAACATAGTGATCAAAATTTTAGG TTGGGGCGACCACGGAGAAAAACAAAACCTCCGAGATGAAAAAATATCTTAACTTATGAACTACAGTTCT AAAAAATAAAATATTTAACATAATTGATCCAATATATTGATCAACGAACCAAGTTACCCTAGGGATAACA GCGCAATCCTTTCCAAGAGTTCCTATCGACGAATGGGTTTACGACCTCGATGTTGGATCAGGACACCCCG ATGGTGTAGCCGCTATTAAAGGTTCGTTTGTTCAACGATTAAAGT

>3 TAGCTTAAAGATTTATTTTAGGTAAATTCTGCCCAGCGTAAAATATTAGCGGCCGCAGTAAAATTGACTG TGCTAAGGTAGCATAATCAATTGGCTTTTAATTGAAGTCTGGAATGAACGGATTAATGGGGACTTGCTGT CTCTTAATAATTACTTTGAAATTATTTATTAAGTGAAAATACTTATAATTAGAAAAAAGACGAGAAGACC CTTAGAATTTTTAATAAAACATAAATAAATGTTATTTTTTTGTTGGGGCGACATTGAAACAATAAAACTT TCTTTATTTCATGACATTAAGGTTTGAAAGAGTAAATTACCTTAGGGATAACAGCATAATTAATAAATTA GTTTGTGACCTTGTTGTTGGACTAGGAACTAGTTGACTAGCAGTCAAAATAGATTGTTCTGTTCGAACAG AAATTCCTAC

>4 TTGTGACGCTTCGGCAGGCTTAACACATGCAAGTCCGAGGGGTATATGTCTTCGGATATAGAGACCGGCG CACGGGTGCGTAACGCGTATGCCATCTACCTTTTACAGAGGGATAGCCCAGAGAAATTTGGATTAATACC TCATAGCATAGCGACTCCGCATGAAGCAACTATTAAAGTCACAACGGTTAAAGATGAGCATGCGTCCCAT TAGCTAGTTGGTAAGGTAACGGCTTACCAAGGCTACGATGGGTAGGGGTCCTGAGAGGGAGATCCCCCAC ACTGGTACTGAGACACGGACCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGAGGAATATTGGACAATGGGCGCAAG CCTGATCCAGCCATGCCGCGTGCAGGATGACGGTCCTATGGATTGTAAACTGCTTTTGTACGAGAAGAAA CACTCCTTCGTGAAGGAGCTTGACGGTATCGTAAGAATAAGGATCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCG GTAATACGGAGGATCCAAGCGTTATCCGGAATCATTGGGTTTAAAGGGTCCGTAGGCGGTTTAGTAAGTC AGTGGTGAAAGCCCATCGCTCAACGGTGGAACGGCCATTGATACTGCTAAACTTGAATTATTAGGAAGTA ACTAGAATATGTAGTGTAGCGGTGAAATGCTTAGAGATTACATGGAATACCAATTGCGAAGGCAGGTTAC

>5 GCGCATGCTTAACACATGCAAGTCGAGCGGTAAGGCCTTTCGGGGTACACGAGCGGCGAACGGGTGAGTA ACACGTGGGTGATCTGCCCTGCACTCTGGGATAAGCTTGGGAAACTGGGTCTAATACCGGATATGACCAC AGCATGCATGTGTTGTGGTGGAAAGATTTATCGGTGCAGGATGGGCCCGCGGCCTATCAGCTTGTTGGTG GGGTAATGGGCCTACCAAGGCGACGACGGGTAGCCGACCTGAGAGGGTGACCGGCCACACTGGGACTGAG ACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGCGGAAGCCTGATGCAGCG ACGCCGCGTGAGGGATGAAGGCCTTCGGGTTGTAAACCTCTTTCAGCAGGGACGAAGCGTGAGTGACGGT ACCTGCAGAAGAAGCACCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGTGCGAGCGTTGTCC GGAATTACTGGGCGTAAAGAGTTCGTAGGCGGTTTGTCGCGTCGTTTGTGAAAACCCGGGGGCTC

>6 GATAGAACGCTGGCGGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAGCGGTAACAGGGGAAAGCTTGCTTTCTCGC TGACGAGCGGCGGACGGGTGAGTAATGTATGGCGATCTGCCCGATAGAGGGGGATAACTACTGGAAACGG TGGCTAATACCGCATAATCTCTCAGGAGCAAAGCAGGGGGAACTTCGGTCCTTGCGCTATCGGATGAACC CATATGGGATTAGCTAGTAGGTGAGGTAATGGCTCACCTAGGCGACGATCCCTAGCTGGTCTGAGAGGAT GATCAGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAA TGGGCGCAAGCCTGATGCAGCCATGCCGCGTGTATGAAGAAGGCCTTAGGGTTGTAAAGTACTTTCAGTC GGGAGGAAGGCGTTGATGCTAATATCATCAACGATTGACGTTACCGACAGAAGAAGCACCGGCTAACTCC GTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCGTTAAATCGGAATTAC

7> TGTGACGCTGCGGCAGGCTTAACACATGCAAGTCGAGGGGTATATGTCTTCGGATATAGAGACCGGCGCA CGGGTGCGTAACGCGTATGCAATCTACCTTTTACAGAGGGATAGCCCAGAGAAATTTGGATTAATACCTC ATAGCATAGCGACTTCGCATGAAGCAACTATTAAAGTCACAACGGTAAAAGATGAGCATGCGTCCCATTA GCTAGTTGGTAAGGTAACGGCTTACCAAGGCTACGATGGGTAGGGGTCCTGAGAGGGAGATCCCCCACAC TGGTACTGAGACACGGACCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGAGGAATATTGGACAATGGGCGCAAGCC TGATCCAGCCATGCCGCGTGCAGGATGACGGTCCTATGGATTGTAAACTGCTTTTGTACGAGAAGAAACA CTCCAACGTGTTGGAAGCTTGCGGTTCGTAGAATAAGGTCGGGTAAATCTTGCATCAGCCCCGTATCGAA GTCCAGCGTTTCCGATCATGGTTAAAGGGCCGAGCGTTATACTAGTGGGAACCTCTACGGGACGCCTTCC GTAATGATTTTGAGACATTAGGACGGA

>8 TGGCTCAGAACGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAGCGCACCTTCGGGTGAGCGGCGGA CGGGTTAGTAACGCGTGGGAACATACCCTTTTCTACGGAATAGCCTCGGGAAACTGAGAGTAATACCGTA TAAGCCCTTCGGGGGAAAGATTTATCGGGAAAGGATTGGCCCGCGTTAGATTAGATAGTTGGTGGGGTAA TGGCCTACCAAGTCTACGATCTATAGCTGGTTTTAGAGGATGATCAGCAACACTGGGACTGAGACACGGC CCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATNTTAGACAATGGGCGCAAGCCTGATCTAGCCATGCCGC GTGTGTGATGAAGGTCTTAGGATCGTAAAGCACTTTCGCCAGGGATGATAATGACAGTACCTGGTAAAGA AACCCCGGCTAA

Respuesta 1. La identificación más probable para esta cadena de ADN es: Platichthys stellatus mitochondrial gene for 16S rRNA, partial sequence, haplotype: PS3-16S

https://www.facebook.com/photo.php?fbid=972051699525410&set=p.972051699525410&type=3

https://www.facebook.com/photo.php?fbid=972051859525394&set=p.972051859525394&type=3

Respuesta 2. La identificación más probable para esta cadena de ADN es: Pseudohynobius flavomaculatus voucher XM3182 16S ribosomal RNA (16S) gene, partial sequence; mitochondrial

https://www.facebook.com/photo.php?fbid=972056342858279&set=p.972056342858279&type=3

Respuesta 3. La identificación más probable para esta cadena de ADN es: Galba truncatula isolate TcS10 16S ribosomal RNA (16S) gene, partial sequence; mitochondrial

https://www.facebook.com/photo.php?fbid=972057462858167&set=p.972057462858167&type=3

Respuesta 4. La identificación más probable para esta cadena de ADN es: Sporocytophaga sp. A61 A61 A61 partial 16S rRNA gene, isolate A61

https://www.facebook.com/photo.php?fbid=972058592858054&set=p.972058592858054&type=3

Respuesta 5. La identificación más probable para esta cadena de ADN es: Rhodococcus sp. A83 A83 A83 A83 partial 16S rRNA gene, isolate A83

https://www.facebook.com/photo.php?fbid=972059226191324&set=p.972059226191324&type=3

Respuesta 6. La identificación más probable para esta cadena de ADN es: Enterobacteriaceae bacterium A91 partial 16S rRNA gene, isolate A91

https://www.facebook.com/photo.php?fbid=972059906191256&set=p.972059906191256&type=3

Respuesta 7. La identificación más probable para esta cadena de ADN es: Flavobacterium sp. A32 A32 A32 partial 16S rRNA gene, isolate A32

https://www.facebook.com/photo.php?fbid=972060566191190&set=p.972060566191190&type=3

Respuesta 8. La identificación más probable para esta cadena de ADN es: Uncultured Sulfitobacter sp. clone 12S_148 16S ribosomal RNA gene, partial sequence

https://www.facebook.com/photo.php?fbid=972061522857761&set=p.972061522857761&type=3

Es importante recordar que estos bancos de datos dan una lista de especies con más coincidencias. Por lo tanto, todas las secuencias que coinciden al 100% pueden ser la que estamos buscando. Como los genes para una misma proteína se repiten en diferentes especies de bacterias (organismos), será necesario tener la mejor identificación posible de nuestra bacteria para conocer la especie correspondiente.

Si nuestra secuenciación es un poco deficiente, por ejemplo, si tiene deleciones o repeticiones, el grado de coincidencia puede ser menor de 100%. Pero aún así tenemos posibilidades de confirmar la identificación que necesitamos.

En la secuencia 1, realicé el siguiente ejercicio: Seleccioné los 10 nucleótidos a partir del nucleótido 6, la copié en seguida del nucleótido 15 (repetición) y los copié nuevamente (repetición) después del nucleótido 599 (al final de la secuancia). El resultado fue el mismo, pero en la columna "Query cover" el porcentaje de coincidencia descendió de 100% a 98%.

Ahora, en la secuencia 1 quité 10 nucleótidos a partir del nucleótido 6 (deleción) y los copié al final, después del nucleótido 599 (repetición). Nuevamente el resultado fue el mismo, con un porcentaje de coincidencia de 98% en la columna "Query cover".

TAREA PARA Estudiantes de la Univercidad Politécnica Bicentenario de noveno semestre de la carrera de Agrotecnología.

https://www.facebook.com/ARGONAUTASirapuato/posts/869709303066735?fref=nf

Tema 1. Programación y electrónica.
Tema 2. Ciencia y tecnología.
Tema 3. Humanidades y comportamiento humano.
Tema 4. Cine y literatura.

nfjh

Restauración de ecosistemas. Casos de estudio.

Tema 2. Ciencia y tecnología.

He tenido oportunidad de trabajar de cerca en algunos proyectos de restauración ecológica de gran envergadura y sé la gran cantidad de talento, recursos financieros y voluntad politica que se necesitan para mantenerlos activos. Sin embargo, muchos de ellos funcionan tras bambalinas y parece que suceden solitos, como si nadie hiciera nada.

Que haya mucho trabajo por hacer, no lo dudo. Pero si no conocemos los proyectos de restauración ecológica que nos están dando una mejor calidad de vida, difícilmente sabremos qué es lo que hace falta por hacer.

El proyecto "Lago de Texcoco" terminó con las grandes tolvaneras que cubrían la ciudad de México durante la primera mitad del siglo 20. Si ese proyecto llegara a suspenderse, traería graves consecuencias sobre la salud de la población. En el oriente de la cuenca del Valle de México se llevan a cabo grandes obras de restauración de suelos erosionados y reforestación. Pero estas acciones no están a la vista de todos. Tengo la sensación de que para muchos es como arte de magia y para otros daría lo mismo si se realizan o no todas estas actividades.

En este tipo de proyectos, el mejoramiento genético juega un papel importante, ya que se han seleccionado especies tolerantes a la alta salinidad del agua. Algunas especies se han importado de Europa y el Medio Oriente y otras de Australia. Algunas otras son nativas y se han aprovechado lo mejor posible. Gracias a eso, esa zona sigue recibiendo aves migratorias que llegan a anidar desde el norte del continente y al mismo tiempo, se han detenido los procesos de desecación, erosión y las grandes tolvaneras. Los especialistas en mecánica de suelos han hecho grandes obras para lograr todos estos objetivos.

Sería bueno googlear un poco y ver cómo se ha construido el lago Nabor Carrillo, el canal de la compañía, el gran canal del desagüe, el tajo de Nochistongo, las plantas de tratamiento de agua residual, la inyección de agua tratada hacia los acuíferos. Eso solo en el Valle de México. Pero en todo el país tenemos ejemplos de mayor o menor envergadura.

Ahora un ejemplo clásico. La zona de La Laguna, en Durango y Coahuila floreció gracias a la agricultura de riego. Durante la primera mitad del siglo 20 el algodón fue un cultivo que dio fortuna a empresarios y empleo a obreros, jornaleros, ingenieros civiles, ingenieros agrónomos y muchsa otras disciplinas.

La base de este proceso de crecimiento económico fue la tecnificación del cultivo (Gossipium hirsutum). Sin embargo, las plagas insectiles son un dolor de cabeza para los productores, en la jerga agronómica se sabe que es necesaro hacer 15 aplicaciones de insecticida en un ciclo de cultivo, si se quiere obtener producto de buena calidad. En aquella época los insecticidas más efectivos estaban basados en arsénico (As), un metal sumamente tóxico. Por la gran cantidad de este insecticida liberado en el campo, al cabo de algunos años este elemento alcanzó los mantos freáticos. Como el agua de suministro proviene de fuentes subterráneas, pronto la población comenzó a experimentar los efectos negativos sobre su salud, desde leves, dientes manchados, hasta graves.

Esa región siguió produciendo algodón, pero con el tiempo se redujo drásticamente su cultivo. En la actualidad, las variedades transgénicas resistentes al gusano cogollero, dan una nueva oportunidad a este cultivo tan redituable. Dejándose de liberar millones de toneladas de inscticidas, generando empleos para gente de todos los niveles académicos posibles, desde analfabetas hasta empresarios, niveles licenciatura, maestríy y doctorado.

Todo esto yo no lo inventé y lamentaría mucho que alguien tan preocupado por los organismos genéticamente modificados, se enterara por primera vez de ellos por este pequeño texto.

El Xitle. La sucesión después de un desastre natural.

La erupción del Xitle hacia el año 100 de nuestra era, generó un derrame de lava que se extendió por el sur del Valle de México, cubriendo un ecosistema de bosque templado. Laparte sur del derrame se encuntra a mayor altitud donde se registran mayores precipitaciones pluviales. En esa parte del pedregal, los suelos se han formado con mayor velocidad y en la actualidad ya son capaces de sostener especies arbóreas de pino y encino, entre otras.

 Enlaces recomendados:

El Pedregal de San Angel. Video.

Tema 1. Programación y electrónica.
Tema 2. Ciencia y tecnología.
Tema 3. Humanidades y comportamiento humano.
Tema 4. Cine y literatura.

nfjh

Ciudad de México. Contaminación Atmosférica

Algunos grupos de activistas han confundido históricamente a la población al correlacionar los efectos del cambio climático con una menor calidad de vida.

Esto, desde luego, no es así. En una publicación temprana de la ONU, 1990, basada en estudios acumulados durante muchas décadas del siglo 20, se menciona que muchas regiones del globo terráqueo verán incrementada la producción agrícola y ganadera al mejorar las condiciones climáticas, como la reducción de los días con heladas, incrementos en las precipitaciones pluviales, aumento del número de horas de insolación durante el ciclo agrícola, incorporación de tierras de gran altitud / latitud a la agricultura o ganadería con rendimientos superiores al de otras regiones, aumento de la concentración atmosférica de CO2 con el consiguiente incremento de la actividad fotosintética de las plantas.

Sin embargo, estas organizaciones políticas han presionado a las autoridades para que incrementen los requisitos burocráticos en el cuidado de los jardines en las banquetas, el penoso programa hoy no circula - por la corrupción que lleva implícita, por lo absurdo que resulta quitar de circulación los automóviles que cuentan con la mejor tecnología anticontaminante (calcomanías 0 y 00) y, sobre todo, por abusar de los propietarios de automóviles dejando sobre sus hombros todo el peso del control de los contaminantes, cuando los automóviles contribuyen con muy bajo porcentaje de la contaminación (la emisión de partículas es casi cero y la emisión de compuestos orgánicos volátiles -precursores de ozono a nivel del suelo- es nula, gracias al convertidor catalítico), lo absurdo que resulta el programa de verificación vehicular de modelos recientes, los cuales tienen como requisito para su venta en México el cumplimiento con los niveles de emisiones de contaminantes a la atmósfera para fuentes móviles- y otras acciones por el estilo.

¿Qué hay tras esas políticas anticontaminantes? Ningún principio de ingeniería ha podido soportarlas. De manera que esas medidas continúan siendo un enigma para toda la ingeniería ambiental!!!

Video “El cambio climático afecta los derechos humanos”

Las principales fuentes de partículas suspendidas en el aire del Valle de México son los incendios forestales, la erosión eólica -incrementada por el calor, la baja humedad relativa y el viento- y las emanaciones de cenizas del volcán Popocatépetl, de manera que aún dejando de circular el 100% de los vehículos, la calidad del aire por este contaminante continuará rebasando los niveles satisfactorios!!

El otro contaminante que ha estado rebasando la norma de calidad del aire para el Valle de México es el ozono al nivel del suelo (street level ozone). Este contaminante se forma únicamente durante las horas de mayor insolación y con la presencia de precursores (compuestos orgánicos volátiles, monóxido de carbono, óxidos de nitrógeno, principalmente). Todos ellos están ausentes en las emisiones de vehículos automotores recientes, también los que cuentan con convertidor catalítico y en general, todos los vehículos que usan combustibles autorizados. De manera que la fuente de estos precursores no es ningún vehículo automotor.

Posiblemente la fuente de precursores de ozono se explica parcial o totalmente por emisiones fugitivas de gas natural (metano), solventes, combustibles de alta volatilidad y compuestos orgánicos volátiles (COV) provenientes de la degradación biológica en los sistemas de drenaje municipal y rellenos sanitarios así como de actividades relacionadas con el manejo de estas sustancias.

La ciudad de México no es la única que padece por estos altos niveles de emisiones fugitivas de compuestos orgánicos volátiles, como lo muestran el siguiente artículo y video de la Universidad de Harvard, en Boston, Massachusets.

In Mexico City we have had rising street level ozone increasing levels. Although authorities have strenghtened car use restrictions, and emission verification have proved this mobil sources are not the main source of O3 precursors, ozone levels remain quite high. It is clear that a source of ozone precursors is out of control. One of the most probable sources of this kind of materials (VOC's) is natural gas!!

El siguiente enlace a la Dirección de Monitoreo Atmosférico de la Ciudad de México, muestra los valores de los contaminantes prioritarios medidos por las estaciones de muestreo vinculadas a esta dirección.

Como puede verse en la tabla que proporciona la Dirección de Monitoreo Atmosférico de la Ciudad de México, el ozono a nivel del suelo (street level ozone) comienza a rebasar los niveles satisfactorios a partir de las 13:00 horas, cuando la radiación solar alcanza su máximo y regresan a niveles satisfactorios a partir de las 21:00 horas, un poco después de que se ha ocultado el sol. O sea, la fuente de energía para estas reacciones de generación de ozono!!  

 Referencias:

El Universal

Organismos genéticamente modificados.

Tema 2. Ciencia y tecnología.

El mejoramiento genético en forma comercial tiene tres etapas de desarrollo hasta hoy. La primera es la domesticación, basada principalmente en la selección de semillas y cultivares. La segunda etapa es el uso de la hibridación, aplicando la genética Mendeliana, que durante el siglo 20 permitió seguir alimentando a la humanidad y generar variedades resistentes a enfermedades, plagas y malezas, que causaron hambrunas en muchas regiones del mundo; además permiten reducir en gran medida el uso de agroquímicos. La tercera etapa es la transformación genética, que permite continuar alimentando a la población humana aún creciente, y también permite una reduccón drástica en el empleo de agroquímicos; además incorpora posibilidades de uso médico, como vacunas suministradas por el consumo de algunos frutos modificados genéticamente, que producen proteínas que inducen la formación de anticuerpos. La siguiente etapa es la edición genética, que promete mejorar aún más las posibilidades de manipulación precisa de genes. Y en una quinta etapa, la biología sintética promete editar genes base por base, es decir, la creación de genes y por lo tanto, vías metabólicas completamente basadas en ingeniería!!!

La ingeniería genética aporta métodos de solución a algunos de los grandes retos agronómicos, por no mencionar otras ramas de la tecnología que también serán impactadas por este desarollo.

La ingeniería genética permite ya, producir insulina y otras sutancias terapéuticas a nivel industrial. Los agricultores verán abrirse puertas para cultivos de interés farmacológico, prducción de enzimas para la industria (petrolera, alimenticia, minera y otras).

Los cultivos transgénicos podrán cultivarse en sitios degradados por la urbanización, deforestación, desertificación.

La adaptación de cultivos ante el cambio climático representa ya un reto para los especialistas en genómica.

Los que no quieran consumir productos derivados de organismos transgénicos, que no lo hagan. Pero que no interfieran en el avance tecnológico. 
 
Porque resulta que las organizaciones políticas endebles, cuando acceden al poder tienen demasiados compromisos con grupos promotores de la ignorancia, que los apoyaron con votos y apoyo moral. Pero que al llegar al poder causan demasiados daños. Ya no podemos podar el árbol de la banqueta sin antes un engorroso trámite burocrático, el penoso caso del hoy no circula, la prohibición del arte circense, quieren prohibir las corridas de toros y quieren prohibr los organismos genéticamente modificados. 

Estas acciones (prohibiciones), lejos de ser medidas de regulación de estas actividades, dejan el problema totalmente fuera de control.

A los que tenemos que padecer por las presiones de esa gente, nos da pavor el escenario de las prohibiciones basadas en la ignorancia.

México no es una potencia en la producción de cacao, pero tiene grandes avances en mejoramiento genético. Al igual que en maíz. Es necesario conocer nuestras debilidades y fortalezas para encontrar nuestro verdadero potencial!!!

Algunas opiniones absurdas sugieren que México debe enfocar sus esfuerzos en llegar a ser gran productor de maíz. Estados Unidos dedica 37.4 M_ha a la producción de maíz, con rendimiento promedio de 10.7 ton/ha (168.4 bushels/acre: http://www.worldofcorn.com/#us-average-corn-yield), en régimen de humedad de temporal. La superficie agrícola de México es de 27 M_ha y el rendimiento promedio no llega a 1 ton/ha en temporal (2.1 ton/ha promedio nacional). México no es potencia en la producción de maíz, ni lo será. Argentina dedica también unos 27 M_ha a la producción de maíz en condiciones de temporal, con rendimiento similar al de los EEUU!!!

México dedica 8.5 M_ha al cultivo de maíz, en su mayoría en régimen de humedad de temporal !!

Objetivos en la investigación sobre OGM

El rendimiento no es el único ni el principal objetivo de las variedades transgénicas. Las investigaciones se están enfocando a la resistencia a plagas y enfermedades -menos aplicaciones de plaguicidas y más amigable con el ambiente-, resistencia a la sequía -adaptación de nuestros cultivos al cambio climático-, introducción de genes que codifican proteínas que son vacunas contra algunos problemas de salud humana- menor costo de producción de vacunas y alcance a todos los rincones del planeta, sin necesidad de conetenedores refrigerados, basta unas semillas y una capacitación adecuada en su uso-, animales que producen menos metano en su digestión -reducción en las emisiones de gases con efecto invernadero en un rubro en que la agricultura ha sido fuertemente cuestionada-, peces tropicales que producen omega tres -para mejorar la nutrición en los países tropicales, donde el consumo de salmón, trucha o cualquier otra especie de clima frío sería un verdadero lujo-. En fin, lo que uno se quiera imaginar, alguien ya lo está investigando en algún país del mundo. Eso es francamente algo que no tienen precedentes en la historia humana!!

Practica googleo. Come frutas y verduras. Este mensaje es ajeno a cualquier partido político. Utiliza los pasos peatonales!!

Los activistas antitransgénicos piensan que si comemos esos productos, los niños van a nacer con rabo de cochino. Lamentablemente no piensan en que estos organismos están siendo diseñados para resolver problemas específicos y gran parte de ellos tienen un papel muy importante en la lucha contra el cambio climático. Pero es difícil hacer entender a quein no quiere. Sin embargo, estamos obligados a defendernos de sus creencias y dogmas, por que están causando muchos daños al forzar con la violencia a nuestros legisladores, por rumbos francamente equivocados. Nos están dañando a todos y no tenemos que pagar por su ignorancia. Su ignorancia es por elección, porque todos estamos dotados de cerebros capaces de pensamientos racionales!!

La genética experimental

La física experimental revolucionó la física teórica de manera importante a partir del siglo 16. Debemos considerar que el equivalente, la genética experimental, nació apenas en el siglo 19, cuando Gregor Mendel comenzó a demostrar que los caracteres en las plantas se heredaban de manera aleatoria pero predecible si se partía de lineas genéticamente puras. Y curiosamente, la cantidad de gente que se entera de estos avances es gigantesca, gracias a la agilidad de las redes sociales. Pero así mismo, las ideas dogmáticas generan posturas extremistas que ejercen una gran presión sobre quienes conocemos de cerca las técnicas y la teoría que está detrás de los sorprendentes avances de las ciencias genómicas. O sea que la inquisición rompió las barreras de las instituciones de poder y se encuentra a cada paso. Al fin de cuentas, Galileo podía contar con los dedos a sus detractores, aunque poderosos. En cambio ahora, los detractores de la genética, prácticamente pululan!!

Análisis de riesgo ambiental

Cuando inventaron el automóvil, había muchas personas que se oponían a su empleo, decían que iba a haber muchos accidentes, que la gente ya no iba a hacer ejercicio. Y qué sucedió en realidad? Pues que aumentaron los accidentes y la gente ya no quiere hacer ejercicio, prefiere viajar en auto o camión. Pero también sucedió que ahora vivimos en un mundo más dinámico, mejor comunicado, que podemos usar nuestro auto para ire de vacaciones, al cine e incluso al trabajo. Es como un zapato nuevo, al principio el talón se queja, pero después no los queremos cambiar por nada!!

Lo que quiero decir, es que los efectos adversos que pueda traer el uso de transgénicos, los vamos a sortear con éxito también. Por cierto, pensar en que los efectos adversos de estos materiales genéticos sea la toxicidad o que vayan a causar cáncer, o vayan a nacer niños con el rabo de cochino, es el cuento más irrisorio que se les pudo haber ocurrido. Ya veremos que sus riesgos no tienen nada que ver con eso. Tampoco hay riesgo de contaminación para las variedades criollas de maíz. Algunas instituciones conservan vastas colecciones bajo las más estrictas medidas de seguridad genética como tener varias copias de sus bancos en diferentes países del mundo, aislamiento temporal y espacial en los lotes de reposición de colecciones, y por si fuera poco, análisis de ADN para corroblorar la identidad de todo el banco de germoplasma. Por favor googleen un rato y tecleen INIFAP o CIMMyT o alguna Universidad agrícola + germoplasma o banco de germoplasma. Cuando acaben de leer lo que encuentren, dentro de dos o tres años si son buenos lectores, van a empezar a pensar como yo -jaja, mejor no lo hagan-. Los detractores de los transgénicos pudieran tomarse la molestia de leer los amplios manuales con metodologías para el análisis de riesgos del uso de transgénicos. Están a disposición del público, no son materiales prohibidos ni exclusivos para uso de espías o agentes secretos!!

Influencia de los mecanismos de opinión pública

Así es, los físicos descubrieron la radiactividad y el ejército tiró bombas atómicas en Japón. Pero conozco mucha gente que vive gracias a que su cáncer es tratado con radioterapia.

Los químicos inventaron los insecticidas sin los que sería imposible satisfacer la producción de alimentos de la humanidad. Y los nazis los utilizaron para asesinar gente que no pensaba como ellos en las cámaras de gases.

Alfred Nobel inventó la dinamita para extraer más fácilmente los minerales del subsuelo y facilitar la construcción de las carreteras por las que circulamos para ir a trabajar y para ir a vacacionar también. Por cierto.

La ingeniería genética ayuda a producir medicamentos antes imposibles de sintetizar, también está desarrollando la medicina genómica. Y por si fuera poco, está desarrollando cultivos resistentes a plagas y enfermedades, lo que reducirá los costos de producción, aumentará los rendimientos y reducirá la liberación de sustancias tóxicas al medio ambiente.

Yo no me preocuparía por los que hacen mal uso de esas tecnologías, porque no soy psiquiatra.

No sé quien inventó la idea de que el hombre (Homo sapiens) apareció en la Tierra para destruirlo todo. Yo no la inventé y se me hace una ridiculez.

Yo doy clase de diseño de plantas de tratamiento de aguas residuales, diseño de equipos anticontaminantes de emisiones gaseosas industriales, manejo sustentable de bosques, remediación de suelos y acuíferos. Tal vez por eso no se me hace extraño que las grandes empresas y los gobiernos invierten grandes cantidades de recursos para evitar y remediar la contaminación.

Me resultaría un tanto dantesco que ante el crecimiento poblacional nos quedáramos postrados en vez de producir suficientes alimentos y remediar lo que sea que hayamos hecho mal en el pasado.

Pero esas son mis ideas y no se las puedo imponer a nadie. Sólo las expongo para que la balanza no se incline hacia un solo lado.

Una tormenta en un vaso de agua

Los países que abastecen los mercados mundiales de granos, han aceptado sin titubeos el cultivo de variedades transgénicas. Brasil y Argentina producen grandes cantidades de soya para el mercado mundial. Estados Unidos es el mayor productor de maíz y está utilizando extensamente las variedades transgénicas. El cultivo de algodón sería impensable al día de hoy sin variedades transgénicas.

Si pudiéramos analizar datos concretos, nos daríamos cuenta que las discusiones sobre la prohibición de transgénicos y su conveniencia, es realmente marginal y se limita a los países que tienen poca participación en los mercados.

Procesos de adopción de tecnología

Cuando yo era niño creía que los grandes proyectos eran producto de la magia. Que el responsable del proyecto solo tenía que decir "hágase X" y al momento X estaba realizado. Pero, hay muchas opiniones. Así que es necesario conjuntar una serie de voluntades y de empresas de probada capacidad técnica y moral.

Yo sí sé por qué no lo he hecho: Porque no puedo. No tengo en mi haber, influencias sobre las voluntades necesarias y tampoco poder de convocatoria para las empresas capaces de realizar todas estas acciones.

Pero no hay que preocuparse, que los que estamos trabajando en ello sabemos lo que hacemos y también sabemos que no se logran todos los resultados de la noche a la mañana.

El camino es desesperadamente lento, yo lo sé. Pero los fenómenos sociales son así. Y líbrenos de quienes quieren cambios vertiginosos, que esos son los peores desastres que ha vivido la humanidad.

Las variedades vegetales criollas tienen mucha más diferencia genética con respecto a la misma especie silvestre. Que una variedad con un organismo genéticamente modificado a partir de ella. En el segundo caso la diferencia es de uno o pocos genes, de más o de menos.

Por otro lado, la agricultura tecnificada, incluyendo los plaguicidas y los daños que puedan causar a la salud humana y al medio ambiente, es la tecnología disponible para producir alimentos. No podemos producir alimentos suficientes usando arados jalados por animales, prescindiendo de variedades mejoradas genéticamente ni prescindiendo de plaguicidas.

Yo también trabajo diseñando sistemas de tratamiento de agua que eliminan plaguicidas y fertilizantes del agua usada en la agricultura y ganadería. Así que el que crea que esa tecnología no existe, debería informarse primero antes de proferir semejantes insultos a quienes conocemos esas tecnologías.

Pero, insisto, no trato de convencer a nadie. Creo que si la balanza se inclina para una opinión, al menos debe informarse que por el otro brazo de la balanza se están haciendo grandes esfuerzos, trabajo intelectual, desarrollo tecnológico y mucha pero mucha aplicación a nivel de las industrias y de campo en el caso de la producción agrícola, ganadera, silvícola y piscicultura.

El impacto ambiental

Esos grupos piensan que los ingenieros ambientales, genetistas, agrónomos, biólogos y demás profesionistas somos unos retrasados mentales.
 
Cultivos como el maíz BT o el algodón BT evitan como mínimo tres y quince aplicaciones de insecticida respectivamente. Son millones de toneladas de producto comercial que se han dejado de liberar al ambiente.
 
Además se han generado múltiples actualizaciones de buenas prácticas agrícolas, que reducen en gran medida el riesgo de consumir alimentos contaminados.
 
En México se cultivan 8.5 millones de hectáreasas de maíz. Se podría evitar la aplicación de 25.5 millones de litros de Parathión metílico (1.0 L por hectárea por aplicación por tres aplicaciones por ciclo).

Los organismos genéticamente modificados y la agricultura orgánica

El proceso que se está dando en la producción y comercialización de alimentos orgánicos también resulta interesante al analizarlo. El proceso es semejante al que se dio con los teléfonos celulares en la década de 1990, cuando la cobertura era casi nula, los aparatos eran del tamaño y peso de un ladrillo y eran carísimos, así como el pago por el servicio -en el caso de que estuvieras en un sitio con servicio-, pero no servían para nada -dile a un pequeño lo que esos celulares eran capaces de hacer y verás que no servína para nada-. Bueno, en la actualidad los alimentos orgánicos son lo mismo que cualquier otro producto que se comercializa en el supermercado, excepto que su precio es 100% mayor, tanto en México como en cualquier otro país. Los alimentos orgánicos que producen en Europa, se cultivan en instalaciones que cuentan con la asepsia equivalente a la de un quirófano, bueno, esos sí son alimentos orgánicos. Conforme la ingeniería genética consolide los resultados de los desarrollos que están en proceso, los cultivos se irán liberando de plagas, enfermadades y malezas, además de que serán más nutritivos y sabrosos. Su costo de producción no será superior al de cualquier otro cultivo comercial y cumplirá, ahora sí con certeza, cumplirá completamente con las exigencias del mercado de productos orgánicos. Entonces los productos orgánicos serán orgánicos de verdad y su precio será sumamente accesible. Así como hoy los teléfonos celulares ahora sí dan servicio y tienen un precio accesible!!

La infiltración genética

Por su parte, las instituciones encargadas del mejoramiento genético guardan invaluables colecciones de materiales criollos y sus propios materiales genéticos. Ellos cuentan con toda la tecnología, capital humano e instalaciones para mantener estas colecciones en total aislamiento genético. Estos bancos de germoplasma cuentan con copias en varios centros de investigación del mundo. La preocupación de estos grupos por la infiltración genética es más que infundada. De hecho, las propias empresas que producen transgénicos son los primeros interesados en mantener en las mejores condiciones estas colecciones.

Sería prudente agregar que los productores de maíz nunca han contado con la tecnología necesaria para evitar la infiltración genética. Y siempre, las variedades criollas han estado expuestas a la infiltración por genes de variedades comerciales obtenidas por selección o hibridación. Pero no siempre sucede debido a que muchas plantas domesticadas tienen incompatibilidad génico-citoplásmica o algún otro mecanismo fisiológico o genético que les impide la hibridación con otras plantas de su especie. Además, no cuentan con esta tecnología porque no la necesitan y porque llegado el caso, su aplicación haría totalmente incosteable e impracticable el cultivo. Esto por las medidas de aislamiento físico y temporal que se tendrían que implementar.

El Glifosato tiene una vida media muy corta en el ambiente. Su movilidad en el suelo es también muy baja. Su volatilidad es sumamente baja (presión de vapor 0.04mPa). Poco soluble en solventes orgánicos (Kow 0,000026). Degradación Microbiana: Es la forma principal de degradación. Depende del tipo de suelo y de la flora microbiana. La vida media del Glifosato en el suelo, en promedio es menor de sesenta días. Su toxicidad aguda es bastante baja (DL50 ORAL AGUDA: Ratas: 5.000), su categoría toxicológica es IV (baja toxicidad). La posibilidad de que ocurran reacciones al producto, es muy poco posible; a menos que la cantidad absorbida sea extraordinariamente alta. Sin embargo sí es soluble en agua (10.62 g/L). Es insoluble en compuestos orgánicos.
 
Dado que es un herbicida de aplicación única, en preemergencia del cultivo, la exposición del producto final sería sumamente baja, en el caso de que se tratara de una raíz, en contacto con el suelo. Si el producto es un grano como el maíz, su exposición es muy cercana a cero, quiero decir, que el análisis del grano estaría cerca del límite detectable por los precedimientos estándar de análisis de plaguicidas.
 
Ahora, no se aclara si la política es atacar al plaguicida (Glifosato en este caso), al transgénico (maíz en este caso), a ambos, o si se trata de política contra las empresas que lo producen. Todas ellas son distintas posturas.
 
Los OGM, por sí mismos no producen toxinas dañinas al ser humano. 
 
Las buenas prácticas agrícolas garantizan, sí, garantizan que al seguirse, los residuos de plaguicidas van a estar por debajo de los límites establecidos en los estándares nacionales de inocuidad agro-alimentaria.
 
Mucha de esta política es denostativa. Genera la sensación de que los agrónomos, ingenieros genéticos, ingenieros ambientales, químicos y demás involucrados en la generación y uso de estas tecnologías, fuéramos unos retrasados mentales.

Ecología urbana

Hay una disciplna que se llama ecología urbana. Un error que he visto consistentemente en los estudios de impacto ambiental es considerar que el ecosistema de una zona impactada es igual al ecosistema que existió antes de la intervención humana. Con ese enfoque nunca vamos a terminar de restaurar nuestros ecosistemas, pues se trataría de dejarlos intactos.

En la ecología urbana se considera al hombre, con sus viviendas, vías de comunicación, fábricas y demás infraestructura de supervivencia y de ocio. Ese es el verdadero ecosistema y es muy complejo, más complejo que un ecosistema natural por sí mismo.

Las ciudades son ecosistemas amigables con las aves, por ejemplo. Pero también otros animales silvestres han aprendido a vivir entre nosotros. Si seguimos pensando que la naturaleza y las urbanizaciones son mutuamente excluyentes, nos seguiremos angustiando y aumentando nuestro estrés.

Ahora un ejemplo clásico

La zona de La Laguna, en Durango y Coahuila floreció gracias a la agricultura de riego. Durante la primera mitad del siglo 20 el algodón fue un cultivo que dio fortuna a empresarios y empleo a obreros, jornaleros, ingenieros civiles, ingenieros agrónomos y muchas otras disciplinas.

La base de este proceso de crecimiento económico fue la tecnificación del cultivo (Gossipium hirsutum). Sin embargo, las plagas insectiles son un dolor de cabeza para los productores, en la jerga agronómica se sabe que es necesario hacer 15 aplicaciones de insecticida en un ciclo de cultivo, si se quiere obtener producto de buena calidad. En aquella época los insecticidas más efectivos estaban basados en arsénico (As), un metal sumamente tóxico. Por la gran cantidad de este insecticida liberado en el campo, al cabo de algunos años este elemento alcanzó los mantos freáticos. Como el agua de suministro proviene de fuentes subterráneas, pronto la población comenzó a experimentar los efectos negativos sobre su salud, desde leves, dientes manchados, hasta graves.

Esa región siguió produciendo algodón, pero con el tiempo se redujo drásticamente su cultivo. En la actualidad, las variedades transgénicas resistentes al gusano cogollero, dan una nueva oportunidad a este cultivo tan redituable. Dejándose de liberar millones de toneladas de inscticidas, generando empleos para gente de todos los niveles académicos posibles, desde analfabetas hasta empresarios, niveles licenciatura, maestría y doctorado.

Todo esto yo no lo inventé y lamentaría mucho que alguien tan preocupado por los organismos genéticamente modificados, se enterara por primera vez de ellos por este pequeño texto. 
 

El maíz BT

En México se cultivan 8.5 millones de hectáreas de maíz. La producción nacional de grano es de 18.2 millones de toneladas. Se necesita hacer una o dos aplicaciones de herbicida por ciclo (me limito al paquete tecnológico que aplican productores mayores a 5 ha y que aportan el 43.6 % de la producción nacional de maíz y representan el 7.9 % de los productores). Ellos son los que aportan la mayoría del maíz que se utiliza en la indsutria de los alimentos y en las tortillerías. Los productores menores de 5 ha producen el maíz de autoconsumo y nos comparten de él en los puestos de Tres Marías,Mor., La Marquesa, Méx., Río Frío, Méx., y corredor gastronómico Ameca-Meca-Texcoco-Pachuca, entre otros. Pero eso dista del consumo nacional.
 
El paquete tecnológico del INIFAP considera dos aplicaciones de herbicida, dos a tres aplicaciones de insecticida y un deshierbe manual.
 
Cuando se usa maíz transgénico BT (Bacillus Thuringiensis), se suprimen las aplicaciones de insecticida. Esto representa dejar de aplicar: 
 
> 25.5 a 38.25 millones de litros de Malathion50CE (1.0 a 1.5 L de Malathion50CE por hectárea); o
> 204 mil a 255 mil toneladas de Pounce 4% (8.0 a 10.0 kg por hectárea); o
> 38 250 a 51 000 toneladas de Sevin80 (Sevin80 1.5 a 2.0 kg por ha); o
> 25.5 millones de litros de Parathión metílico (Parathión metílico 1.0 L por hectárea); o
> 25 500 a 38 250 toneladas de Dipterex80% (Dipterex80% 1.0 a 1.5 kh por hectárea).
 
Se calcularon tres aplicaciones de un solo insecticida, pero las cantidades pueden variar de acuerdo al tipo de plagas que ataquen al cultivo. Seguramente que el impacto ambiental de las variedades transgénicas es significativamente benéfico.
 
La aplicación de herbicida es para cualquier variedad de maíz, ya sean variedades criollas, híbridos, variedades sintéticas u organismos genéticamente modificados (OGM). En el cultivo tecnificado (>5.0 ha) es imposible hacer deshierbes manuales.

Fuente: INIFAP

Los herbicidas más utilizados en maíz, Glifosato y Atrazina tienen muy bajo efecto residual en el suelo.
No por nada los genetistas eligieron el Glifosato para transferir su resistencia a variedades transgénicas de maíz.
La ingeniería genética es un mundo apasionante. Y su complemento con la ingeniería ambiental es increíble.

Los plaguicidas

- Para empezar aclaro que no soy catador de plaguicidas.
- A medida que las ciudades fueron creciendo, las necesidades de alimentos se incrementaron. Los agricultores fueron innovando y se dieron cuenta que sembrando una sola especie en un terreno, podían maximizar sus rendimientos. Pero se enfrentaron al ataque de de plagas, enfermedades y malezas.
Con ayuda de los químicos (personas que se dedican a estudiar los cambios en la materia) encontraron sustancias que curaban enfermedades, otras que mataban o ahuyentaban a los insectos y otras que controlaban la maleza.
- Así surgieron las empresas de dicadas a la fabricación de agroquímicos. Estas empresas cuentan en la actualidad con los laboratorios más avanzados en el estudio de estas sustancias. También son ellos los que conocen con más detalle los efectos de las sustancias que ellos producen, tanto sobre la saud humana como sobre el medio ambiente. Consúltese la hoja de seguridad de cualquier ingrediente activo, el más raro que se les ocurra. Ahí encontrarán información importante que hay que saber interpretar como la DL50 (LD50), Kow, presión de vapor, densidad, solubilidad en agua, peso molecular, estructura química, modo de acción y muchas más.
- Por cierto, hace mucho tiempo los productores agrícolas se dieron cuenta de lo laborioso e incosteable de arrancar las malezas a mano, matar los insectos con los dedos y observar cómo las bacterias y hongos marchitan y matan en cuestión de días toda su plantación. Bueno, allos han hecho su trabajo toda la vida!!
- No he conocido a un productor que disfrute envenenándose para producir los alimentos que disfrutamos en los mercados y supermercados.
- Si alguien sabe cómo obtener 2.2 ton/ha o 7.5 ton/ha, promedios nacionales para productores de temporal y de riego respectivamente, de maíz sin aplicar un solo herbicida, fungicida o insecticida, favor de pasar a enseñarnos a todos los agrónomos. Tal vez sea un caso de ignorancia profesional colectiva, OOOORALES!!!!!.
- En México se cultivan 8.5 millones de hectáreasas de maíz. Se podría evitar la aplicación de 25.5 millones de litros de Parathión metílico (1.0 L por hectárea por aplicación por tres aplicaciones por ciclo). Si esto no alivia significativamente el impacto ambiental de la agricultura, favor de pasar a enseñarnos a todos los ingenieros ambientales. Tal vez sea otro caso de ignorancia profesional, OOOORALES!!!!!.
- Si leíste esta perorata y no entendiste lo que digo, es porque necesitas dedicarte a hacer algo productivo y no estar repitiendo como perico todos esos prejuicios populares que andan difundiendo por ahí. Deja en manos de los profesionales la agricultura y el cuidado del medio ambiente y disfruta de los tacos al pastor ahora que puedes, si no te arrepentirás cuando tengas 60 y el colesterol hasta el full. Entonces solo podrás comer manzanas hervidas, como lo estás haciendo ya por hacer caso de esas tonterías.

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